怀孕40天做B超检查但是未见卵黄囊可能是检查时间过早、胚胎停止发育、宫外孕等原因导致的,需要根据不同的原因进行处理。1、检查时间过早如果怀孕40天做B超检查的时间过早,此时孕囊还未发育,就可能会出现上述情况。这属于正常的生理现象,一般不需要进行特殊的治疗,建议孕妇过一段时间后再进行检查。2、胚胎停止发育胚胎停止发育后,体内的激素水平会逐渐下降,孕囊也会停止发育,从而出现上述情况。建议孕妇及时到正规医院,通过清宫手术的方式进行治疗。3、宫外孕宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床,通常会出现腹部疼痛、阴道出血等症状,也会出现上述情况。建议患者及时到正规医院,通过手术的方式进行治疗。除以上比较常见的原因以外,也有可能是其他的原因,比如卵巢囊肿、葡萄胎等,建议患者及时就医治疗。