怀孕40天有褐色分泌物可能是先兆流产、宫外孕、阴道炎等原因导致的,需要根据不同原因进行处理。1、先兆流产。先兆流产指的是妊娠28周以前,因为太过劳累,腹部有碰撞等原因而导致的流产。会出现阴道少量出血,血液呈鲜红色或者暗红色,并且伴有腹痛等症状。患者需要卧床休息,并且在医生的指导下服用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行治疗。2、宫外孕。宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育。因为胚胎在生长发育的过程中,会导致局部组织破裂,因此会出现阴道出血的情况,还会伴有腹痛等症状。患者需要及时到医院进行手术治疗,比如输卵管切除术、保守性手术等。3、阴道炎。阴道炎是指各种原因导致的阴道炎症,患者会出现阴道分泌物异常、瘙痒、疼痛等症状。患者可以在医生的指导下使用甲硝唑栓、替硝唑栓等药物进行治疗。除以上原因外,还可能是宫颈炎导致的,建议及时就医。