生殖器皮下长了小疙瘩可能是由于毛囊炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣等原因引起的。1、毛囊炎由于生殖器部位比较潮湿,如果患者不注意局部卫生,容易导致细菌滋生,从而引起炎症,导致局部出现小疙瘩的情况,还会伴有疼痛、瘙痒等症状。患者可以遵医嘱使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物进行治疗,还要注意局部卫生,勤换洗内裤。2、生殖器疱疹生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染泌尿生殖器及肛门周围皮肤黏膜所引起的性传播疾病,会导致生殖器部位出现水疱、疼痛等症状,从而出现上述情况。患者可以遵医嘱使用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等药物进行治疗,还要注意饮食清淡,避免食用辛辣刺激性食物。3、尖锐湿疣尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的,会导致生殖器部位出现增生性损害,从而出现上述情况。患者可以遵医嘱使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等药物进行治疗,如果药物治疗效果不佳,可以在医生指导下通过冷冻治疗、激光治疗等方式进行治疗。除此之外,也可能是梅毒等原因引起的,建议及时就医治疗,以免延误病情。